El logro más notable de Schechter, sin embargo, fue traer a Inglaterra gran parte del archivo de una antigua sinagoga de El Cairo, incluyendo miles de fragmentos de manuscritos y documentos que arrojan luz sobre un milenio de historia judía. El trabajo académico de Schechter se centró en adelante en este material. Sus principales trabajos fueron La sabiduría de Ben Sira (con C. Taylor, 1899), porciones del original hebreo del Libro Apócrifo del Eclesiástico; Saadyana (1903), nuevo material sobre el erudito judío del siglo IX Saadia Gaon; y Documentos de Sectarios Judíos (1910), que trata sobre los zadokitas del siglo I y los karaítas, una secta medieval.